[WordPress]タクソノミーに初期値を指定して最初からチェックを入れておく

functions.php

function term_input_check() {
?>
  <script type="text/javascript">
    jQuery(function($) {
      $('input#in-popular-タクソノミー名-ID , input#in-タクソノミー名-ID').prop('checked', true);
    });
  </script>
<?php
}
add_action( 'admin_head-post-new.php', 'term_input_check' );

「カテゴリ一覧」とよ「よく使うもの」でチェックボックスのIDが異なるため、
初期値にしたいタームを2つ指定する必要があります。

＊タクソノミー名-IDが不明の場合は管理画面の編集ページでソースを表示し、
チェックボックス部分のIDを探して当てはめればOKです。